biohackbot

Pipeline для персонального медицинского корпуса: установка → добавление PDF → парсинг → обогащение.

Не медицинская консультация. Инструмент организует ваши документы локально. Не ставит диагнозы и не назначает лечение.

Область применения и ограничения

Пакет: medbots-core из этого репо; CLI — medbots.
Парсеры PDF: рассчитаны на российские бланки — ЕМИАС, Медси, Гемотест. Другие вендоры — новый парсер (docs/ARCHITECTURE.md).
Без OCR: сканы без текстового слоя не парсятся (нужен внешний OCR или приватный LLM-ingest).
OpenClaw / Telegram: опциональный деплой на VPS (deploy/RUNBOOK.md); для локального корпуса не обязателен.
Демо без своих PDF: examples/demo-instance.

1. Установка

git clone https://github.com/apodobe/biohackbot.git
cd biohackbot
python3 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e .
medbots --help

2. Настройка (первый запуск)

Создайте приватную папку для данных (не внутри этого public-репо):

medbots init ~/my-health

Структура:

~/my-health/
├── bot_config.json
├── sources/emias/      ← сюда PDF
├── sources/medsi/
├── sources/gemotest/
└── structured_database/
    ├── manifest.json
    ├── PATIENT_PROFILE.json   ← укажите дату рождения
    ├── pdf_text/
    └── doc_text/

Отредактируйте PATIENT_PROFILE.json:

{"dob": "1985-06-15", "full_name_ru": "John Smith", "country": "USA"}

3. Добавление документов

Скопируйте PDF анализов из ЕМИАС, Медси или Гемотест в соответствующую папку sources/.

Зарегистрируйте файлы в манифесте:

medbots scan --bot-root ~/my-health
# только один источник: --source emias

4. Парсинг PDF

Два шага: извлечь текст, затем разобрать в doc_text/ и строки анализов.

medbots extract-text --bot-root ~/my-health
medbots structure --bot-root ~/my-health
# перепарсить всё: --force
# один вендор: --source gemotest

Поддерживаются: ЕМИАС, Медси, Гемотест.

Apple Health (опционально)

На iPhone: Здоровье → профиль → Экспортировать все данные о здоровье → export.zip

medbots import-apple-health --zip ~/Downloads/export.zip --bot-root ~/my-health --copy-zip
medbots validate-apple-health --corpus ~/my-health/structured_database

Создаёт fitness/BODY_METRICS.json, WORKOUTS.json, APPLE_HEALTH_SUMMARY.md. Сырой export.xml не сохраняется — только агрегированный JSON.

5. Обогащение корпуса

Нормализация анализов, LOINC, дедупликация, индексы:

medbots pipeline --bot-root ~/my-health
medbots validate --corpus ~/my-health/structured_database

Результат: LABS_NORMALIZED.json, DISCREPANCIES.json, CORPUS_INDEX.json и markdown-сводки.

6. Опционально: VPS (только текст)

Синхронизация JSON + текста на сервер для приватного Q&A-бота (без PDF):

export VPS=root@YOUR_HOST
export CORPUS=~/my-health/structured_database
cd deploy && ./02-rsync-corpus.sh

Подробнее: deploy/RUNBOOK.md

Команды CLI

Команда	Назначение
`medbots init PATH`	Создать структуру instance
`medbots scan --bot-root PATH`	Добавить PDF из `sources/` в manifest
`medbots extract-text --bot-root PATH`	PDF → `pdf_text/*.txt`
`medbots import-apple-health --zip FILE --bot-root PATH`	Apple Health → `fitness/`
`medbots structure --bot-root PATH`	Текст → `doc_text/`, строки анализов
`medbots pipeline --bot-root PATH`	Merge labs, LOINC, dedup, индекс
`medbots validate --corpus PATH`	Проверка целостности
`medbots validate-apple-health --corpus PATH`	Проверка Apple Health

Демо без PDF

medbots structure --bot-root examples/demo-instance
medbots pipeline --bot-root examples/demo-instance

См. examples/README.md.

Конфиденциальность

Держите ~/my-health/ локально или в private git-репозитории.
Не коммитьте данные пациента в этот public-репозиторий.
См. SECURITY.md.

Документация

Архитектура
Руководство по парсерам · EN
LLM — когда нужны модели · EN
Схема файлов корпуса

Автор: Alexey Podobedov

FilesExpand file tree

README.ru.md

Latest commit

History