ProcessPipe 是一组用于扩散磁共振成像（dMRI）数据整理、预处理、纤维追踪和数据集构建的 Python 脚本。脚本面向本地数据目录与既有软件环境运行，主要覆盖 DICOM/NIfTI 转换、BIDS 风格整理、dMRI/T1w 预处理、DSI Studio/MRtrix 纤维追踪及训练集准备。
注意：多数脚本内含数据目录、软件路径、线程数和输出目录。运行前请先检查并按实际环境修改这些配置；部分脚本会移动或删除数据文件，建议先在副本上验证。
实际实现已按职责移入 processpipe/：
processpipe/core/：外部命令、BIDS 文件名、sidecar 与相位方向等公共工具。processpipe/workflows/：BIDS 整理、DSI/MRtrix 基准追踪、T1w/FreeSurfer 与 UKF/WMA 预处理流程。processpipe/tractography/：MNI 追踪、纤维下采样和训练/验证/测试集切分。- 所有工作流均通过统一命令运行，不再保留旧脚本入口。
推荐从项目根目录使用统一命令：
python -m processpipe benchmark --profile adni --dry-run
python -m processpipe bids-rename --help
python -m processpipe dsi-mni --input-dir /path/to/subjects
python -m processpipe tract-mni --dry-run每个可运行流程均支持 --help；会修改数据或调用外部影像软件的流程提供 --dry-run 时，会仅列出计划处理的对象。
| 脚本 | 功能 |
|---|---|
processpipe.workflows.bids_organize |
统一实现以下 BIDS/DICOM 流程。 |
bids-asd |
解压受试者 DICOM 压缩包，调用 dcm2niix 转换为 NIfTI，并依据 JSON 中的 BidsGuess 将结果归入相应模态目录。 |
bids-abvib-convert |
将按检查日期组织的 DICOM 数据批量转换为按 session 划分的 NIfTI 数据。 |
bids-rename |
根据 BidsGuess 重命名 DWI 文件及其 .bval、.bvec、.json sidecar。 |
bids-reorganize |
保留有效 DWI/相位编码数据，删除不需要的序列，并将 NIfTI 与 sidecar 移入 dwi/ 目录。 |
bids-dsi-output |
将 DSI Studio 输出整理到 subject/session/dwi/gqi 层级。 |
| 脚本 | 功能 |
|---|---|
dsi-mni |
主 dMRI 预处理流程：梯度检查、DSI Studio EDDY/TOPUP 处理、脑掩膜、DTI 拟合、MNI 配准、bvec 旋转和 GQI 重建。支持有或无 session 的受试者目录。 |
t1w |
查找 T1w 图像并批量调用 FreeSurfer recon-all。 |
ukf-wma |
MRtrix/UKF/WMA 工作流：降噪、畸变/偏置校正、NRRD 转换、脑掩膜、UKF 追踪和 ORG atlas 测量。 |
这些脚本针对不同数据集目录布局运行相同类型的 MRtrix 与 DSI Studio 处理：梯度检查、响应函数/FOD 估计、三次 iFOD2 追踪、GQI 重建、三次 DSI Studio 追踪，以及 VTK 转换。
| 脚本 | 数据集/目录布局 |
|---|---|
benchmark --profile adni |
ADNI 受试者目录布局。 |
benchmark --profile ppmi |
PPMI 受试者目录布局。 |
benchmark --profile cnp |
CNP 的 site/type/subject 嵌套目录布局。 |
benchmark --profile abideii |
ABIDE II 的站点和 QC 后 DWI 文件布局。 |
输出按 iFOD2 与 DSI Studio 的三次重复结果分别存放，以便评估追踪随机性的影响。
| 脚本 | 功能 |
|---|---|
tract-mni |
从 GQI 文件导出 DTI 指标，执行 DSI Studio 追踪并配准到 MNI 空间，再按训练/验证/测试范围创建软链接。 |
tract-downsample |
按纤维所在目录去重后，批量调用 White Matter Analysis 下采样 VTK/VTP 文件。 |
tract-split |
将已下采样的 UKF 纤维文件按固定范围软链接到训练、验证和测试目录。 |
- Python：
numpy、nibabel、joblib - DICOM 转换：
dcm2niix - MRtrix3：
mrconvert、dwigradcheck、dwi2response、dwi2fod、tckgen等 - DSI Studio
- FSL：
dtifit - ANTs：配准与变换工具
- FreeSurfer：
recon-all - 3D Slicer / SlicerDMRI、UKFTractography
- White Matter Analysis / ORG Atlas
- DWI 文件必须与对应的
.bval、.bvec文件匹配；涉及 BIDS 整理的流程还会使用.jsonsidecar。 bids-reorganize会删除未保留的 NIfTI 及其 sidecar；使用前务必确认筛选规则。- 多数流程通过“输出文件是否存在”判断是否跳过步骤。删除中间产物后再次运行可能触发重新处理。
- 并行数和工具线程数在各脚本中单独设置，应根据机器资源调整，避免多个任务同时占满 CPU 或内存。
- 远程同步功能已移除；仓库不再包含通过 SSH/SCP 复制数据的脚本。